feat(app-instance): 集成Beaver后端并更新配置管理

集成新的Beaver后端服务到应用实例中，替换原有的nanobot实现。

主要变更包括：
- 在Dockerfile和环境配置中添加Beaver相关路径和配置变量
- 更新工作目录结构从.nanobot到.beaver
- 实现Beaver引擎加载器，支持配置文件加载和工具组装
- 添加内置工具如ListDirectoryTool、ReadFileTool、SearchFilesTool
- 更新消息处理流程，支持通道适配器和网关模式
- 重构技能系统，支持显式工具提示和嵌入式检索
- 改进错误处理和生命周期管理

此变更使应用实例能够使用统一的Beaver后端进行AI代理运行时管理。

app-instance/backend/beaver/tools/builtins/__init__.py

@@ -1,13 +1,17 @@
 """Built-in Beaver tools."""
 
 from .echo import EchoTool, echo_tool
+from .filesystem import ListDirectoryTool, ReadFileTool, SearchFilesTool
 from .memory import MemoryTool, memory_tool
 from .skill_view import SkillViewTool, skill_view
 from .session_search import SessionSearchTool, session_search
 
 __all__ = [
     "EchoTool",
+    "ListDirectoryTool",
     "MemoryTool",
+    "ReadFileTool",
+    "SearchFilesTool",
     "SkillViewTool",
     "SessionSearchTool",
     "echo_tool",