feat(app-instance): 集成Beaver后端并更新配置管理

集成新的Beaver后端服务到应用实例中，替换原有的nanobot实现。

主要变更包括：
- 在Dockerfile和环境配置中添加Beaver相关路径和配置变量
- 更新工作目录结构从.nanobot到.beaver
- 实现Beaver引擎加载器，支持配置文件加载和工具组装
- 添加内置工具如ListDirectoryTool、ReadFileTool、SearchFilesTool
- 更新消息处理流程，支持通道适配器和网关模式
- 重构技能系统，支持显式工具提示和嵌入式检索
- 改进错误处理和生命周期管理

此变更使应用实例能够使用统一的Beaver后端进行AI代理运行时管理。

app-instance/backend/beaver/skills/assembler/task_assembler.py

@@ -63,6 +63,11 @@ class SkillAssembler:
             api_key=embedding_runtime.api_key if embedding_runtime is not None else None,
             api_base=embedding_runtime.api_base if embedding_runtime is not None else None,
             model=embedding_runtime.model if embedding_runtime is not None else None,
+            extra_headers=embedding_runtime.extra_headers if embedding_runtime is not None else None,
+            timeout_seconds=(
+                embedding_runtime.request_timeout_seconds if embedding_runtime is not None else None
+            ),
+            fallback_top_k=None,
         )
         if not candidates:
             return SkillAssemblyResult()