feat(engine): 添加MCP连接管理和工具集成功能

- 集成MCP连接管理器，支持MCP服务器连接
- 添加多种内置工具：ClarifyTool、CronTool、DelegateTool、ExecuteCodeTool、
  PatchFileTool、ProcessTool、SendMessageTool、SpawnTool、TerminalTool、
  TodoTool、WebFetchTool、WebSearchTool、WriteFileTool等
- 实现工具注册和装配功能
- 添加技能选择上下文参数
- 支持思考模式控制参数thinking_enabled

feat(coordinator): 重构任务执行计划器参数命名

- 将learning_candidate_enabled重命名为allow_candidate_generation
- 更新TeamGraphScheduler中的参数传递
- 修改LocalAgentRunner中的相关参数处理
- 更新README文档中的相应描述

refactor(context): 标准化工具调用参数格式

- 添加_json导入用于参数序列化
- 实现_provider_tool_calls方法标准化OpenAI兼容的工具调用载荷
- 修复工具调用中参数非字符串类型的序列化问题

refactor(session): 优化消息历史记录过滤逻辑

- 修改get_messages_as_conversation为基于运行状态过滤消息
- 排除未完成、失败或错误结束的运行记录
- 改进对话历史的可见性控制机制

fix(store): 修复FTS索引重建逻辑

- 添加异常处理防止FTS索引创建失败
- 实现_rebuild_fts_index方法重新构建全文搜索索引
- 优化索引触发器和表的维护流程

app-instance/frontend/components/ui/input.tsx

@@ -11,7 +11,7 @@ const Input = React.forwardRef<HTMLInputElement, InputProps>(
       <input
         type={type}
         className={cn(
-          'flex h-10 w-full rounded-md border border-input bg-background px-3 py-2 text-sm ring-offset-background file:border-0 file:bg-transparent file:text-sm file:font-medium file:text-foreground placeholder:text-muted-foreground focus-visible:outline-none focus-visible:ring-2 focus-visible:ring-ring focus-visible:ring-offset-2 disabled:cursor-not-allowed disabled:opacity-50',
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           className
         )}
         ref={ref}