feat(engine): 添加MCP连接管理和工具集成功能

- 集成MCP连接管理器，支持MCP服务器连接
- 添加多种内置工具：ClarifyTool、CronTool、DelegateTool、ExecuteCodeTool、
  PatchFileTool、ProcessTool、SendMessageTool、SpawnTool、TerminalTool、
  TodoTool、WebFetchTool、WebSearchTool、WriteFileTool等
- 实现工具注册和装配功能
- 添加技能选择上下文参数
- 支持思考模式控制参数thinking_enabled

feat(coordinator): 重构任务执行计划器参数命名

- 将learning_candidate_enabled重命名为allow_candidate_generation
- 更新TeamGraphScheduler中的参数传递
- 修改LocalAgentRunner中的相关参数处理
- 更新README文档中的相应描述

refactor(context): 标准化工具调用参数格式

- 添加_json导入用于参数序列化
- 实现_provider_tool_calls方法标准化OpenAI兼容的工具调用载荷
- 修复工具调用中参数非字符串类型的序列化问题

refactor(session): 优化消息历史记录过滤逻辑

- 修改get_messages_as_conversation为基于运行状态过滤消息
- 排除未完成、失败或错误结束的运行记录
- 改进对话历史的可见性控制机制

fix(store): 修复FTS索引重建逻辑

- 添加异常处理防止FTS索引创建失败
- 实现_rebuild_fts_index方法重新构建全文搜索索引
- 优化索引触发器和表的维护流程

app-instance/backend/tests/unit/test_skill_learning_safety.py

@@ -65,6 +65,7 @@ def test_safety_marks_dangerous_tools_high_and_requires_confirm(tmp_path: Path)
     )
 
     report = pipeline.check_safety(draft.skill_name, draft.draft_id)
+    pipeline.submit_review(draft.skill_name, draft.draft_id, requested_by="tester")
     pipeline.approve(draft.skill_name, draft.draft_id, reviewer="tester")
 
     assert report.passed is True
@@ -84,6 +85,7 @@ def test_publish_requires_safety_report(tmp_path: Path) -> None:
         created_by="test",
         reason="test",
     )
+    pipeline.submit_review(draft.skill_name, draft.draft_id, requested_by="tester")
     pipeline.approve(draft.skill_name, draft.draft_id, reviewer="tester")
 
     with pytest.raises(ValueError, match="safety report"):