feat(engine): 添加MCP连接管理和工具集成功能

- 集成MCP连接管理器，支持MCP服务器连接
- 添加多种内置工具：ClarifyTool、CronTool、DelegateTool、ExecuteCodeTool、
  PatchFileTool、ProcessTool、SendMessageTool、SpawnTool、TerminalTool、
  TodoTool、WebFetchTool、WebSearchTool、WriteFileTool等
- 实现工具注册和装配功能
- 添加技能选择上下文参数
- 支持思考模式控制参数thinking_enabled

feat(coordinator): 重构任务执行计划器参数命名

- 将learning_candidate_enabled重命名为allow_candidate_generation
- 更新TeamGraphScheduler中的参数传递
- 修改LocalAgentRunner中的相关参数处理
- 更新README文档中的相应描述

refactor(context): 标准化工具调用参数格式

- 添加_json导入用于参数序列化
- 实现_provider_tool_calls方法标准化OpenAI兼容的工具调用载荷
- 修复工具调用中参数非字符串类型的序列化问题

refactor(session): 优化消息历史记录过滤逻辑

- 修改get_messages_as_conversation为基于运行状态过滤消息
- 排除未完成、失败或错误结束的运行记录
- 改进对话历史的可见性控制机制

fix(store): 修复FTS索引重建逻辑

- 添加异常处理防止FTS索引创建失败
- 实现_rebuild_fts_index方法重新构建全文搜索索引
- 优化索引触发器和表的维护流程

app-instance/backend/beaver/tools/base.py

@@ -39,6 +39,7 @@ class ToolSpec:
     input_schema: dict[str, Any]
     toolset: str = "core"
     always_available: bool = False
+    metadata: dict[str, Any] = field(default_factory=dict)
 
     def to_mcp_descriptor(self) -> dict[str, Any]:
         """导出 MCP ListTools 风格的工具描述。
@@ -180,6 +181,8 @@ class ObjectBackedTool(BaseTool):
             arguments["current_session_id"] = context.session_id
         if "workspace" not in arguments and hasattr(self.backend, "workspace"):
             arguments["workspace"] = context.workspace
+        if "metadata" not in arguments:
+            arguments["metadata"] = context.metadata
 
     @staticmethod
     def _normalize_output(content: Any) -> dict[str, Any]: