feat(engine): 添加MCP连接管理和工具集成功能

- 集成MCP连接管理器，支持MCP服务器连接
- 添加多种内置工具：ClarifyTool、CronTool、DelegateTool、ExecuteCodeTool、
  PatchFileTool、ProcessTool、SendMessageTool、SpawnTool、TerminalTool、
  TodoTool、WebFetchTool、WebSearchTool、WriteFileTool等
- 实现工具注册和装配功能
- 添加技能选择上下文参数
- 支持思考模式控制参数thinking_enabled

feat(coordinator): 重构任务执行计划器参数命名

- 将learning_candidate_enabled重命名为allow_candidate_generation
- 更新TeamGraphScheduler中的参数传递
- 修改LocalAgentRunner中的相关参数处理
- 更新README文档中的相应描述

refactor(context): 标准化工具调用参数格式

- 添加_json导入用于参数序列化
- 实现_provider_tool_calls方法标准化OpenAI兼容的工具调用载荷
- 修复工具调用中参数非字符串类型的序列化问题

refactor(session): 优化消息历史记录过滤逻辑

- 修改get_messages_as_conversation为基于运行状态过滤消息
- 排除未完成、失败或错误结束的运行记录
- 改进对话历史的可见性控制机制

fix(store): 修复FTS索引重建逻辑

- 添加异常处理防止FTS索引创建失败
- 实现_rebuild_fts_index方法重新构建全文搜索索引
- 优化索引触发器和表的维护流程

app-instance/backend/README.md

@@ -10,7 +10,7 @@
 2. 聊天入口支持 Main Agent 自动 Task 化、验证、反馈门控。
 3. skills 已有版本化、receipt/effect 记录、学习候选门控，以及后台 assisted learning pipeline。
 4. Agent Team v1 已支持内部 `sequence / parallel / dag` coordinator。
-5. Task mode 已能通过 `TaskExecutionPlanner` 按需调用 sub-agent/team；team node 由 `TaskSkillResolver` 绑定 published skill，缺失时生成 draft-only ephemeral skill，最终仍由主 Agent synthesis 生成用户回答。
+5. Task mode 已能通过 `TaskExecutionPlanner` 按需调用 sub-agent/team；team node 由 `TaskSkillResolver` 绑定 published skill，缺失时生成 ephemeral guidance，最终仍由主 Agent synthesis 生成用户回答。
 6. Skill Learning 已支持后台 run-once/worker 自动生成 draft、safety report、eval report、人工审核发布和前端审核工作台；worker 不会自动 approve/publish。
 
 ## 当前结构